Füssen liegt in der Region Allgäu. Durch die Stadt fließt der Lech. Der Donauzufluss passiert zunächst am südlichen Stadtrand nahe der Grenze zu Tirol den Lechfall, fließt dann durch das Stadtgebiet und weiter zum nordöstlich gelegenen Forggensee. Ebenfalls im Gebiet der Stadt liegen Hopfensee, Weißensee, Alatsee, Eschacher Weiher und Wiedemannweiher. Am Faulenbach, der den Alatsee zum Lech hin entwässert, liegen Obersee und Mittersee. Mit 808 Metern ü. NN ist Füssen die höchstgelegene Stadt Bayerns.    Das Stadtgebiet besteht aus den Gemarkungen Füssen, Eschach, Hopfen am See und Weißensee. Zur Gemeinde Füssen gehören unter anderem die Orte Füssen, Achmühle, Bachtal, Bad Faulenbach, Benken, Brand, Ehrwang, Enzensberg, Erkenbollingen, Eschach, Fischerbichl, Häusern, Heidelsruh, Hinteregg, Hof, Hopfen am See, Hub, Hubmannsegg, Moos, Niederried, Oberkirch, Roßmoos, Schwarzenbach, See, Spöttl, Thal, Unterdeusch, Vorderegg, Weißensee, Wiedmar, Wies, Wörth und Ziegelwies